Santa Elena se encuentra situada cerca de Huasca, Hidalgo, a una distancia de 119 kilómetros al norte de la ciudad de México en una región montañosa llamada la Sierra de las Navajas.
Un denso bosque de pino-encino, que alberga una gran cantidad de fauna y flora, rodea tres cuerpos de agua: la Presa de San Carlos, Las Vigas y el Agua Azul.